A Ilha do Cardoso integra a maior área contínua de Floresta Atlântica do Brasil e está inserido no Complexo Estuarino-Lagunar de Iguape, Cananéia e Paranaguá, considerado pela União Internacional de Conservação da Natureza (IUCN) como o terceiro estuário do mundo em termos de produtividade primária e um dos mais bem preservados, o que lhe confere prioridade na conservação. A região ainda é reconhecida como Sítio do Patrimônio Mundial Natural (UNESCO, 1999) e Zona Núcleo da Reserva da Biosfera (UNESCO, 2005).
